Kurs "HPC w zastosowaniach genomicznych" jest przeznaczony dla naukowców (doktorantów i pracowników naukowych) z dziedziny biologii, genetyki i medycyny personalizowanej. Celem kursu jest zwiększenie kompetencji informatycznych naukowców z tych dziedzin i umożliwienie im wykonywania analiz danych danych genomowych i transkryptomowych z sekwencerów nowej generaji (NGS). 
Uczestnicy mają zdobyć wiedzę i umiejętności do pracy na klasterze obliczeniowym samodzielnie lub przy współpracy z bioinformatykiemi poznać sposoby  rozwiązania typowych potrzeb obliczeniowych biologów i genetyków. 

Niektóre części kursu zawierają ćwiczenia do wykonania w środowisku klastera. Kurs zawiera też część nazwaną "hakaton", gdzie uczestnicy mogą przedyskutować lub stworzyć proste użyteczne skrypty dla własnych problemów obliczeniowych przy pomocy instruktorów kursu. 
Podstawowe moduły kursu (wprowadzenie, system kolejek, bash, R, ...)
dostosowane są do zastosowań w genomice i typowego przygotowania informatycznego biologów, genetyków czy przedstawicieli nauk medycznych. 

Miejsce:
PCSS, Poznań
ul. Jana Pawła II 10
sala 0.31

Ramowy plan kursu:

Dzień 1 - Elementy składowe analizy danych: klaster obliczeniowy, bioinformatyka 

10:00 -  10:30 Wprowadzenie do użytkowania klastera obliczeniowego (na przykładzie Eagle)
10:30 - 11:20 Podstawy Linuxa - odświeżenie wiedzy
11:40 - 12:30 Podstawy skryptów bash
12:30 - 13:30 System kolejkowy SLURM
14:30 - 15:30 Genomiczne formaty danych i repozytoria danych genomicznych
15:30 - 16:15 Manipulowanie danymi genomicznymi z użyciem AWK
16:30 - 17:30 Przegląd oprogramowania genomicznego z przykładami z klastera Eagle 
  (oprogramowanie: trimmomatic, STAR, tophat, cufflinks, samtools, subread-featureCounts, GATK)

Dzień 2 - Proces analizy danych i odkrywania wiedzy z danych genomicznych

 9:00 - 10:00 Łączenie narzędzi bioinformatycznych i kontrola przepływów danych za pomocą snakemake - demo
10:00 - 10:45 Użyteczne podstawy języka R
11:15 - 12:30 Podstawy skryptów w R do statystycznej analizy ekspresji genów z sekwencjonowania RNA (biblioteki edgeR, DESeq)
12:30 - 13:15 Analiza funkcjonalna ekspresji genów - demo (GeneGo Metacore)
13:15 - 14:30 Dyskusja i własne problemy analizy danych 

Instruktorzy:

dr hab. Michał Okoniewski - ETH Zurich
dr Anna Leśniewska - Politechnika Poznańska
Mirosław Kupczyk, PCSS

pcss_slurm_prace_bioinformatyka_22052018.pdfpcss_slurm_prace_bioinformatyka_22052018.pdf